Estruturalmente o SIGQ possui uma coordenação central, estando as competências ao nível da coordenação no Vice-Presidente para a área da Qualidade. A coordenação operacional do SIGQ é da responsabilidade do Gabinete da Qualidade (GQ), coordenado pelo Gestor da Qualidade. De forma descentralizada, os Presidentes das Unidades Orgânicas nomeiam um Interlocutor da Qualidade (IQ) como porta-voz da UO no SIGQ e Responsáveis de Macroprocesso que agregados constituem o Grupo Coordenador de MP (GCMP), conforme apresentado no esquema infra.